Andrea Pisanu prometteva bene sin da giovane. Il centrocampista sardo esordì alla tenera età di sedici anni in occasione di Juventus-Cagliari (si giocò al Delle Alpi il 20 settembre 1998), stabilendo un vero e proprio record. Dopo appena due presenze collezionate nella stagione 1998/1999, venne ceduto in prestito in C1 al Siena.
Rientrato in Sardegna nell’estate 2000, fu costretto a fare le valigie già nel gennaio 2001 senza essere sceso mai in campo. Pisanu così andò al Verona ove rimase tre anni e mezzo.
Tra Pisanu e il Cagliari non è mai scattata la scintilla tanto che il classe 1982 ha cambiato numerose maglie senza mai far ritorno nella terra natìa. Dopo l’Hellas, infatti, Pisanu ha giocato con Varese, Parma, Bologna, Prato, Montreal Impact e Sliema Wanderers.
Pisanu attualmente è un allenatore professionista.